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2008年11月20日 (木)

バイオインフォマtティクスの講義。来月は学会。

   今日の朝は、今秋一番の寒さでした。天気予報では、雪が降る可能性もあるということで心配しましたが、そこまではいかなかったのでよかったです。特に今日は1時間目に講義があったので、少し早く起きて余裕を持って行動していましたが取り越し苦労で終わりました。
 木曜日の1時間目はバイオインフォマティクスの講義ですが、ここ2,3回はタンパク質の構造と機能に関することをやっておりました。PDB(Protein Data Bank)からデータをダウンロードして、フリーの立体構造表示ソフトであるPyMolというもので立体構造を表示させたりしておりました。PyMolはフリーソフトですが、タンパク質の構造を非常にきれいいにグラフィック表示できるので便利です。学生さんのほうも私が与えた課題では、それぞれ工夫を凝らした構造を表示させていました。また、それ以外にも機能モチーフの検索や、細胞内局在部位の予測、膜タンパク質かどうかの予測なども行いましたので、これらのパソコン実習を通じてかなり理解できたのではないかと思います。あと、4回ほどありますが、まだまだ面白い内容が盛りだくさんなので講義準備を充実させなければなりません。
 来月は、神戸で生化学会と分子生物学会の合同学会があります。ただでさえ年末の神戸は混みますが、今回の8日から12日もかなり混むのではないでしょうか。とりあえず宿は三宮駅前のホテルを確保できたので良かったです。久しぶりに大学外での学会への参加なのでかなり楽しみにしております。待ち遠しいです。

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コメント

松原先生 おはようございます。
本当に急に真冬ですね。
わたしは冷えると、ますます体調が思わしくなくなるので、困ったものです。
先生も、この急激な冷え込みで体調を崩されないように気を付けて下さいね(特に京都盆地は底冷えするでしょうね)。

バイオインフォマティクスの講義&実習、順調のようで何よりです。しかし、今は便利な時代になりましたね~

ただ、PDBにせよ、PyMolにせよ、開発、提供しているのが多分アメリカですよね。日本にもこういう組織があっても良いと思うのですけど、なかなかですね~
日本の場合、直ぐに営利化してしまうような気がします。

来月は、神戸で生化学会と分子生物学会の合同学会が8日から12日まであるのですね。学会は“ホテルオークラ”位で行われるのでしょうか? 三ノ宮の駅前のホテル宿泊ですか? 震災前は三ノ宮つて、神戸、元町、三宮の中で一番繁華だったのですけど、今は、神戸がまた一番繁華になっているような気がしますけど、遊びにいらっしゃる訳ではないですものね。師走に入ると、あの周辺はかなり混雑すると思いますよ。

でも、本当に、学外の空気に当たれば、また色んな刺激になって、先生の研究に活かされるでしょうし、リフレッシュできそうですね。 

投稿: 阿頼王 | 2008年11月21日 (金) 06時47分

阿頼王さん

バイオインフォマなどの主なサイトもかなり欧米のものが多いのが現状です。最近は、日本のこの分野の研究者のかたもがんばっていていいものを開発はしておりますが。

神戸はルミナリエも始まるので師走は混みますよね。今回の学会中もポートライナーなども大変混むだろうと予想します。そのあたりポートアイランドへの乗り物はもう少し増えたほうがいいのですが。それは難しいのでしょう。

投稿: Mamoru Matsubara | 2008年11月22日 (土) 15時33分

 PyMolって有償になってませんでしたっけ?ソースコードはフリーのままとかなんとか聞いた気がします。

 善意で公開されたフリーウェアでもサポートを求められたりするご時勢ですから、しょうがないんでしょうね。


 タンパク質配列やプロテオーム解析の同定結果など、大量のテキストファイルの処理に良く使われるPERLなんかは研究室単位でコード書いちゃう時代だそうで。すごいです。

投稿: また通りすがったサポセン | 2008年11月23日 (日) 13時17分

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